Het archief van het Genootschap Nederland-Indonesië bestaat onder andere uit notulen van de bestuursvergaderingen, (financiële) jaarverslagen, correspondentie, stukken betreffende diverse activiteiten ter verbetering van de culturele betrekking tussen Nederland en Indonesië, en correspondentie en redes van de oprichter en voorzitter J.R. Voûte.