Na de totstandkoming van de Unie van Utrecht (1579) werd binnen de Republiek van de zeven verenigde Nederlanden de Nederduits Gereformeerde Kerk ingesteld als de officiële staatskerk. Haar orthodoxe, sterk op Calvijn gestoelde geloofsleer wekte weerstand bij veel vrijzinnige protestanten, onder wie de Leidse hoogleraar Jacobus Arminius en de hofpredikant Johannes Wtenbogaert. Deze laatste diende in 1610 een proteststuk ('Remonstrantie') in bij de Staten van Holland. Twistpunten waren onder meer de relatie tussen de kerk en de staat en het vraagstuk rond de predestinatie: de vrije wil van de mens in relatie tot de voorbeschikking door God. Om de geschillen te beslechten werd in 1618 de synode van Dordrecht georganiseerd. Na een hevige strijd werden de remonstranten in 1619 weggejaagd van de synode. De verdreven predikanten stichtten in 1619 te Antwerpen de Remonstrantse Broederschap. De remonstranten werden aanvankelijk vervolgd in de Republiek. In 1630 kon echter in Rotterdam de eerste algemene vergadering worden gehouden. Heden telt de remonstrantse kerk in Nederland een kleine 50 gemeenten met in totaal ca. 7000 leden.

In 1634 werd onder leiding van Simon Episcopius in Amsterdam het Remonstrants Seminarie opgericht, een kweekschool voor predikanten. Deze werd in 1873 verplaatst naar Leiden. Het Seminarium der Remonstranten verzorgt de vorming van de remonstrantse predikanten in nauwe samenwerking met de Faculteit Godgeleerdheid van de Universiteit Leiden. De leiding van het seminarium berust bij het College van Professor en Curatoren.