Er zijn aanwijzingen dat het senaatsarchief in 1654 een zekere ordening kende (vgl. Molhuysen 1913-1924, dl. 3, pp. 28*-30*). Niettemin duurde het tot 1908 voordat P.C. Molhuysen – ter voorbereiding van de uitgave van zijn Bronnen tot de geschiedenis der Leidsche Universiteit – zich zette aan een meer systematische bewerking van het senaatsarchief en het archief van curatoren tot 1811. Een jaar later reeds publiceerde hij een beknopte inventaris van deze archiefbestanddelen (Molhuysen 1909).

In 1934 werd – parallel aan de bewerking van het curatorenarchief 1815-1877 en een herordening van het curatorenarchief 1575-1815 – besloten tot ordening van de faculteitsarchieven tot 1877 en (her)ordening van het senaatsarchief tot 1877. Deze inventarisatie werd uitgevoerd door H. Hardenberg, werkzaam bij het Algemeen Rijksarchief, alwaar de archieven tijdelijk zijn gedeponeerd ter bewerking (Hardenberg 1935).

In de Universiteitsbibliotheek berustten delen van de archieven van de faculteiten der rechtsgeleerdheid (BPL 1984 sinds 1911; BPL 2268-2274 sinds 1934), geneeskunde (BPL 2075) en wijsbegeerte (BPL 1014). Deze stukken zijn ingevoegd in de inventaris (afdeling II). Een aparte afdeling van de inventaris (III) werd bestemd voor een aantal door de Universiteitsbibliotheek verworven stukken die nauw samenhangen met de archieven van senaat en faculteiten maar daar in strikte zin niet toe behoren (BPL 256, 958-961, 963-966, 1051, 1201-1203, 1205-1207, 12089-1210, 1808, 1911, 1937); hieraan werden enkele stukken toegevoegd die werden afgestaan door het gemeentebestuur Leiden. Bij de bewerking van het senaatsarchief werden diverse stukken gevonden die thuis horen in het archief van de academische vierschaar (Molhuysen 1909, nrs. 92-96). Deze stukken zijn overgedragen aan het Algemeen Rijksarchief, alwaar het archief van de academische vierschaar zich sinds 1882 bevindt.

In 2001 is van de gedrukte inventaris van Hardenberg (1935) een elektronische versie vervaardigd die aan deze collectiebeschrijving is toegevoegd. De typografie en de paginering van de gedrukte inventaris zijn losgelaten, de spelling is echter behouden. De voetnoten in de inleiding zijn omgezet naar eindnoten. Per inventarisnummer zijn voorlooptitels ingevoegd (Inhoud, Datering, Vorm etc.). Ten gerieve van de gebruiker zijn diverse reeksen en series opgesplitst naar inventarisnummer:

7-19, 22-252, 253-354, 259-274, 280-286, 288-329, 347-351 [bis], 325-354 [ter], 370-372, 423-429, 446-447, 456-458, 464-465, 490-492, 499-510, 551-558, 569-570, 582-583, 584-586.

Deze gegevens zijn steeds stilzwijgend te bestemder plaatse ingevoegd (na de voorlooptitel Specificatie inhoud). Na 1935 hebben de opeenvolgende conservatoren Westerse handschriften, verantwoordelijk voor het beheer van de statische archieven berustend in de Universiteitsbibliotheek, af en toe archivalia toegevoegd. Deze stukken zijn beschreven in de [ Aanvullingen ]. In de lopende tekst zijn verwijzingen naar deze beschrijvingen opgenomen tussen vierkante haken.