Het dagelijks bestuur van de universiteit was van oudsher opgedragen aan de Curatoren en de Senaat. De Curatoren verzorgden het financieel en materieel beheer evenals de aanstelling van de professoren. De Senaat, bestaande uit de Rector Magnificus en de hoogleraren, zag toe op de studie en het gedrag van de studenten en behandelde onderlinge conflicten van de eigen leden. Met een korte onderbreking in de Franse Tijd is de Senaat tot 1971 blijven bestaan.

Hoewel de Senaat en de Curatoren met het Organiek Besluit van 1815 het bestuur van de universiteit weer in handen kregen, was – vooral van de Curatoren – hun functie veranderd. De universiteit moest een deel van zijn onafhankelijkheid opgeven en werd een Rijksuniversiteit. De universiteit verloor zijn financiële autonomie en professoren werden voortaan door de minister aangesteld. Het onderwijs veranderde echter weinig: het onderwijs was er voor de algemene vorming van de student en niet voor de opleiding tot een beroep of beoefening van de wetenschap. Pas in de jaren zestig van de 19e eeuw kwam er door nieuwe maatschappelijke eisen en door kritiek op het hoger onderwijs meer praktische scholing. Door de economische groei kwamen er meer studenten uit de economisch succesvolle middenklasse. Deze ontwikkelingen leidden in 1876 tot de Wet op het Hoger Onderwijs (WHO).

Door de invoering van de WHO richtte het onderwijs zich steeds meer op de toepassing van kennis en groeide het onderwijsaanbod. Door de grotere toestroom van studenten, vooral door de ontwikkeling in de natuurwetenschappen en de aanwezigheid van enkele prominente wetenschappers, kwamen er nieuwe voorzieningen en laboratoria, bestemd voor zowel onderwijs als onderzoek. De bevoegdheden van de Senaat en de Curatoren werden door de WHO echter nog verder ingeperkt: de Senaat zorgde voor de handhaving van de tucht onder de studenten en verleende eredoctoraten. De universiteit verloor haar laatste beetje financiële zelfstandigheid. De verhouding tussen Senaat en Curatoren verslechterde en er ontstond een machtsstrijd om voorrang in het vertegenwoordigen van de universiteit. Dit leidde uiteindelijk in 1928 tot een gereorganiseerd universiteitsbureau. Er werd een Senaatsbureau ingesteld en een nieuwe functie gecreëerd: die van Prosecretaris. Deze zou voor het Senaatsbureau dezelfde functie gaan bekleden als de Secretaris van het College van Curatoren.

In de periode 1940-1945 was de universiteit gesloten. Na 1945 was er eerst een periode van herstel, met weinig ruimte voor grote veranderingen. Door de naoorlogse groei van de universiteit nam de Senaat echter in omvang toe, wat in de jaren vijftig leidde tot de oprichting van het Versterkt College, een soort dagelijks bestuur dat taken zoals het voorbereiden van vergaderingen van de Senaat overnam, de Commissie van Overleg, voor overleg tussen Senaat en Curatoren, en de Senatus Praesidium, welke de grote lijnen in het beleid moest uitstippelen. Toch bleven de bevoegdheden van de Senaat beperkt.

De universiteit in de jaren zestig kenmerkte zich door grotere studentenaantallen, een veranderende samenstelling van de studentenbevolking (meer studenten uit de middenklasse) en een meer geëngageerde houding van de studenten, die leidde tot studentenprotesten. Het gevolg was dat het universitaire bestuur democratiseerde en in 1971 de Wet Universitaire Bestuurshervorming (WUB) werd ingevoerd. Het bestuur werd gevormd door democratisch gekozen raden, met aan de top een Universiteitsraad. De Senaat werd opgeheven.

Over de geschiedenis van de Leidse Universiteit en haar bestuur is o.a. geschreven door Woltjer (1965), Cohen (1975), Idenburg (1978) en Otterspeer (1992).

Voor deze tekst werd gebruik gemaakt van de inleiding in de inventaris uit 1997 (zie collectiebewerking).