De collectie manuscriptkaarten en fortificatiekaarten is zeer divers en in het bijzonder rijk aan documenten die inzicht geven in de gebruikskartografie en kaartvervaardiging. Het aantal van 2500 manuscriptkaarten en vestingbouwkundige tekeningen is voor een collectie, waarvan de kern gevormd wordt door een privéverzameling bijzonder groot. Het grote aantal is voor een belangrijk deel te verklaren door de belangstelling van Bodel Nijenhuis voor gebruikskartografie, (d.w.z. kartografie vervaardigd met een bepaalde instrumentele of administratieve functie) en voor kaartvervaardiging. Zo zijn er in de collecie schetsen en tekeningen in verschillende stadia van het proces voorafgaande van het drukken van kaarten. Aangezien Bodel Nijenhuis via aucties van verzamelingen van personen met uiteenlopende functies in bezit kwam van manuscriptkaarten is deze deelcollectie ook zeer gevariëerd: W.R.E. baron Van Heeckeren van Waliën was secretaris van Willem V en kamerheer van Willem I, Hanegraaff was opzichter en landmeter van het Hoogheemraadschap Rijnland, J. Blanken ingenieur en generaal C.R.T. Kraijenhoff , minister van Oorlog. Deze variatie van documenten van kaartvervaardiging en- gebruik, maakt de collectie van manuscriptkaarten en vestingbouwkundige plattegronden bezonder geschikt voor onderzoek en onderwijs. Ook de opname in één privé-collectie van een groot aantal getekende kaarten van de VOC waarvan de uitgifte toch beperkt was door strenge rsistricties van de Heren Zeventien is zeer uitzonderlijk. Met 332 manuscript zeekaarten, de helft van het aantal bekende getekende kaarten van de Firma van Keulen in de wereld, is de Van Keulen-collectie de toonaangevende internationale collectie. Tenslotte is er een bescheiden collectie van kaartboeken voor het merendeel van Leiden en omstreken, waarvan de belangrijkste inzicht geven in het grondbezit van de Universiteit Leiden in de 17de eeuw.

Een deel van de manuscriptkaarten behoort tot de ubl068 Collectie Bodel Nijenhuis.