Het bestuur van de universiteit was van oudsher opgedragen aan het College van Curatoren en de Senaat. Het College van Curatoren was verantwoordelijk voor huisvesting, beheer van de financiën en de roerende en onroerende zaken. In de Senaat behartigden de hoogleraren de algemene belangen van het onderwijs en de beoefening van de wetenschap.

In de jaren 1960-1970 groeide - evenals aan universiteiten elders in Nederland en in de gehele wereld – bij personeel en studenten de behoefte aan medezeggenschap in het bestuur van de universiteit en in de organisatie van het onderwijs en onderzoek.

Landelijk vond de democratiseringsbeweging zijn neerslag in de Wet Universitaire Bestuurshervorming 1970 (WUB), die op 1 mei 1971 bij de Leidse Universiteit in werking zou treden.

Na invoering van de WUB kreeg de universiteit drie bestuurslagen. Op centraal niveau: Universiteitsraad en College van Bestuur. Op midden niveau: College van Decanen, Faculteitsraad en Faculteitsbestuur. Op basis Niveau: Vakgroepsbestuur en Dagelijks bestuur.

De Universiteitsraad

De Universiteitsraad is een medezeggenschapsorgaan, volgens Schöffer (1975) te vergelijken met het landelijke parlement. In de eerste Universiteitsraad, die in november 1971 werd geïnstalleerd, waren de universitaire geledingen als volgt vertegenwoordigd: 12 zetels voor het wetenschappelijk personeel, 10 voor het technisch/administratief personeel en 11 voor de studenten. Daarnaast waren er 7 buitenuniversitaire leden, die door de minister benoemd werden. Eerste voorzitter van de Universiteitsraad was D.L. Couprie. Het aantal leden van de Universiteitsraad is in de loop der jaren verminderd.

In 1985 heeft de Wet op het Wetenschappelijk Onderwijs (WWO) de WUB vervangen. In de WWO is de verdeling van bevoegdheden tussen de Universiteitsraad en het College van Bestuur op een andere wijze geregeld dan in de WUB, waardoor de bevoegdheden van de Universiteitsraad zijn ingeperkt.

In de periode 1970 - 1989 kende de Universiteitsraad verschillende vaste commissies aan wie zij bepaade bevoegdheden kon overdragen, bijvoorbeeld voor Algemeen Personeels- en Ruimtebeleid, voor Onderwijs en Wetenschapsbeleid en voor Begroting en Planningscoördinatie

De Universiteitsraad was verplicht adhoc commissies in te stellen ter voorbereiding van zaken die de verkiezing of benoeming betroffen van de voorzitter van de Universiteitsraad, leden van de vaste commissies, de Rector Magnificus en de leden van het College van Bestuur. Ook voor andere aangelegenheden konden adhoc commissies worden aangesteld, meestal ter voorbereiding van bijzondere, vaak eenmalige zaken, bijv. adhoc commissie Eeuwfeest.

Voor informatie over de Universiteitsraad, haar taken en bevoegdheden zie Schöffer (1975), Cohen (1975) en Nolen (1995).