Robert Jacobus Fruin werd op 14 november 1823 te Rotterdam geboren. Na het Erasmiaans gymnasium te hebben bezocht begon hij in 1842 aan een studie letteren aan de Leidse Universiteit. Aanvankelijk legde hij zich toe op de geschiedenis van de oudheid en de Egyptologie en hij promoveerde op 18 december 1847 op een dissertatie over de Egyptische geschiedschrijver Manetho (derde eeuw voor Christus). Van 1849 tot 1860 was Fruin docent geschiedenis aan het Stedelijk Gymnasium te Leiden. Nadat hij in 1851 nog een studie gepubliceerd had over de klassieke oudheid, wendde hij zich in de daaropvolgende jaren tot de vaderlandse geschiedenis, in het bijzonder die van de Tachtigjarige Oorlog en het tijdvak van Jan de Witt en koning-stadhouder Willem III. Baanbrekend was zijn Tien jaren uit den Tachtigjarigen oorlog 1588-1598, een synthese over een tot dan toe weinig bestudeerd tijdvak uit de Opstand, waarin de Republiek gestalte kreeg. Zijn boek bewees de brede belangstelling van Fruin: hij beschreef de wording van de Republiek tegen de achtergrond van de internationale ontwikkelingen en tevens met oog voor de sociale en culturele geschiedenis van de Republiek. Het typeert de bescheidenheid van Fruin dat zijn omvangrijke boek verscheen als bijlage bij het Verslag aangaande den staat van het Stedelijk Gymnasium te Leyden in 1857/1858 en 1858/1859. Pas daarna verscheen het als zelfstandig boek, beleefde het herdruk op herdruk en werd het een van de weinige echt klassieke werken uit de negentiende eeuw op het gebied van de Nederlandse geschiedenis. Een paar jaar later volgde een al even baanbrekende studie met zijn Het voorspel van den Tachtigjarigen Oorlog (1860). Weliswaar is deze studie geschreven als reactie op en in voortdurende discussie met het chauvinistische boek van John Lothrop Motley, De opkomst van de Nederlandsche Republiek (1859) maar de inzichten die Fruin in zijn Voorspel ontwikkelde zijn sindsdien gemeengoed geworden in de geschiedschrijving.

Op 1 juni 1860 was Robert Fruin de eerste die de nieuwe leerstoel voor Vaderlandse Geschiedenis aan de Leidse Universiteit mocht bekleden. Tot dan toe was de Nederlandse geschiedenis behandeld door de hoogleraar in de Nederlandse taal- en letterkunde, Matthijs de Vries. Gedurende zijn meer dan dertigjarig hoogleraarschap ontwikkelde Fruin zich tot de grootmeester van de vaderlandse geschiedenis. Vele artikelen en boekbesprekingen wijdde hij aan het tijdvak van de Opstand en dat van Jan de Witt en Willem III. Zijn kracht lag daarbij meer in de analyse dan in de synthese – grote werken heeft hij niet meer tot stand gebracht. Dienstbaar toonde hij zich in zijn werk als uitgever van belangrijke werken als die van Filips van Leiden en Franciscus Dusseldorpius en andere historische bronnen. Zijn colleges over de geschiedenis van de staatsinstellingen van de Republiek zijn door H.T. Colenbrander uitgegeven, maar moeten thans als verouderd en minder betrouwbaar worden beschouwd. Op politiek terrein manifesteerde hij zich als een gematigd liberaal, die de polemiek niet schuwde. Fruin overleed op 29 januari 1899 te Leiden. Zijn talrijke publicaties zijn na zijn overlijden gebundeld in tien delen Verspreide Geschriften ('s-Gravenhage: Martinus Nijhoff, 1900-1905).