Jan Ernst Heeres werd op 30 mei 1858 geboren te Zuidhorn in Groningen. Hij bezocht het gymnasium te Groningen en begon in 1877 aan studies theologie en letteren aan de universiteit van Groningen. Hij verwisselde later zijn hoofdstudie voor de rechtsgeleerdheid. Nadat hij op 17 januari 1884 het doctoraalexamen in de rechten had afgelegd promoveerde hij op 26 maart 1885 bij de hoogleraar geschiedenis P.J. Blok op een historisch proefschrift met de titel De wijzigingen in den regeeringsvorm van Stad en Lande in de jaren 1748 en 1749. Op 12 november 1886 legde hij ook het kandidaatsexamen in de Letteren af. In januari 1888 begon Heeres zijn werk voor het Algemeen Rijksarchief in Den Haag. Hij werd hier op 15 februari 1894 benoemd tot adjunct-rijksarchivaris, en werd verantwoordelijk voor de Indische archieven. Zijn werk bestond onder meer uit het ordenen van de documenten uit de tijd van de Verenigde Oost-Indische Compagnie (VOC). Heeres nam ook het initiatief tot de uitgave van een Corpus diplomaticum Neerlando-Indicum. In 1897 aanvaarde Heeres een hoogleraarschap in de koloniale geschiedenis aan de Indische Instelling in Delft. Na de opheffing van deze instelling werd Heeres op 23 juni 1902 benoemd tot hoogleraar in 'de geschiedenis van Nederlandsch-Indië en de historie en methode der zending' aan de Rijksuniversiteit Leiden. Na 1911 richtte Heeres zich voornamelijk op de politiek. Hij vertegenwoordigde tussen 1911 en 1917 de Liberale Unie in de Leidse gemeenteraad, en nam vanaf 1913 zitting in de Tweede Kamer voor het kiesdistrict Leiden. Sinds dit jaar werd hij in Leiden als hoogleraar tijdelijk vervangen door E.C. Godée Molsbergen. Op 1918 kwam er op Heeres’ eigen verzoek een einde aan zijn hoogleraarschap. Van 1917 tot 1920 was hij landelijk voorzitter van de Liberale Unie. Na een mislukte poging om een fusie tot stand te brengen met de Vrijzinnig-Democratische Bond richtte Heeres op 13 november 1921 met geestverwanten de Democratische Partij op. Heeres overleed op 16 februari 1932 aan een zware longontsteking.