Herman Theodoor Colenbrander werd op 13 december 1871 geboren te Drachten. Hij werd onderwezen aan het gymnasium te Arnhem en te Den Haag en studeerde van 1891 tot 1895 in Leiden. Colenbrander promoveerde in 1894 bij P.L. Muller. In 1897 werd hij benoemd tot adjunct-rijksarchivaris in Den Haag. In 1902 werd Colenbrander aangesteld tot lid/secretaris van de Commissie van Advies betreffende 's Rijks Geschiedkundige Publicatiën en later tot Directeur van het Bureau voor 's Rijks Geschiedkundige Publicatiën. In 1906 werd hij lid van de redactie van De Gids, waar hij werkzaam bleef tot 1939. Vanaf 1910 werkte hij als privaatdocent in de staatkundige geschiedenis aan de Juridische Faculteit van de Universiteit Leiden. In 1917 werd hij lector in dit vak. In 1918 werd Colenbrander benoemd tot hoogleraar in de geschiedenis van Nederlands-Indië en de geschiedenis en methode der zending aan de Rijksuniversiteit te Leiden, van 1925-1941 Vaderlandsche geschiedenis.

Colenbrander was vanaf 1900 lid van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde; in 1908 werd hij benoemd tot lid van de Koninklijke Akademie van Wetenschappen. Van 1927 tot 1933 was hij voorzitter van het Nederlands Comité voor Geschiedkundige Wetenschappen. Colenbrander overleed op 8 oktober 1945 te Leiden.