De Bibliotheca Thysiana in Leiden werd in 1657 gesticht krachtens testamentaire beschikking van Johannes Thysius (1622-1653), telg uit een rijk koopliedengeslacht en geparenteerd aan andere calvinistische koopmansgeslachten uit de Zuidelijke Nederlanden die rond 1585 uitweken naar Duitsland en later ook naar de Republiek. Hun handelsactiviteiten betekenden een enorme stimulans voor de groei van de Amsterdamse stapelmarkt. Zijn vader Anthoni overleed toen Johannes 12 jaar oud was. Hij werd daarna opgevoed door Constantijn l’Empereur, hoogleraar oosterse talen in Leiden, en diens vrouw Catharina Thijs, een zuster van Anthoni. Tijdens zijn rechtenstudie, die hij in 1652 met een promotie afsloot, begon hij met het verzamelen van een omvangrijke boekencollectie over een groot aantal vakgebieden die uiteindelijk 1600 titels en duizenden pamfletten zou omvatten en een globale weergave vormde van de staat van de menselijke kennis rond 1650. De executeur van zijn nalatenschap liet een bibliotheekgebouw optrekken op de hoek van het Rapenburg en de Groenhazengracht naar een ontwerp van de Leidse stadsbouwmeester Arent van ’s-Gravesande en werd de eerste curator van de in 1657 voor het publiek opengestelde bibliotheek. Een custos zorgde voor het dagelijks beheer. Aanvankelijk werden de curatoren via coöptatie uit de nazaten van Johannes Thysius benoemd. Na de dood van curator Willem van Haren in 1768 bleek dat die een grote schuld naliet, waarin ook de bibliotheek was betrokken. Een langdurig proces was nodig om een deel van het geld terug te vorderen. Rector en Senaat van de Leidse Universiteit namen toen hun verantwoordelijkheid en stelden enkele malen een nieuwe curator aan. Later volgden enkele andere processen, aangespannen door erfgenamen die zich benadeeld voelden en de rechtbank aan hun zijde vonden. Pas in 1849 werd de jaarlijkse afdracht aan de erven afgekocht. Het kapitaal van de bibliotheek was toen inmiddels zeer geslonken. Toch bleef de bibliotheek open voor het publiek. In 2001 vond een grondige restauratie van het monumentale gebouw in Hollandse classicistische stijl plaats, nadat de eigendom was overgedragen aan de Vereniging Hendrick de Keijser. Hierbij werd het gebouw in de oorspronkelijke staat teruggebracht. Na de verbouwing keerden de boeken terug. Ze kunnen alleen worden geraadpleegd in de UB Leiden en via de catalogus van de UB. De omvangrijke verzameling pamfletten en de archieven waren al eerder naar de UB overgebracht. Deze archieven waren afkomstig van curatoren, en van leden van de familie Thijs en van leden van aanverwante families, zoals l’Empereur en De Baccher. Deze laatste bevatten een omvangrijke familie- en handelscorrespondentie en een groot aantal koopmansboeken en andere bescheiden over het handelsnetwerk van deze Zuid-Nederlandse calvinistische families. Enkele familieleden hadden een grote wetenschappelijke belangstelling en sommigen daarvan waren hoogleraar, onder meer in Leiden. Dat geldt bijvoorbeeld voor Constantijn l’Empereur (1591-1648), die een aantal wetenschappelijke aantekeningen en verhandelingen naliet.