Gerret Pieter Rouffaer werd geboren op 7 juli 1860 te Kampen. Na zijn jeugd ging hij naar de Polytechnische School in Delft om daar te studeren voor mijningenieur. In 1879 brak hij deze studie af voor verschillende (kunst)reizen door Italië. Na deze reizen, vertrok hij in 1885 voor het eerst naar Nederlands-Indië. Zijn verblijf in de archipel liep uit tot een studiereis van vijf jaar, waarin hij aanving met het verzamelen van afschriften en het maken van notities uit de (sultans)archieven van Soerakarta en Jogjakarta. In deze periode werd de basis gelegd van Rouffaer’s wetenschappelijke inspanningen.

Vanaf 1897 legde Rouffaer zich toe op de Indische Studies. Daarbij maakte hij intensief gebruik van de bibliotheek van het Koninklijk Instituut voor Taal-, Land- en Volkenkunde (KITLV). Sinds die tijd waren Rouffaer en het KITLV onlosmakelijk met elkaar verbonden.

Tussen 1898 en 1909 was Rouffaer adjunct-secretaris van het KITLV. Naast het ordenen van de bibliotheek van het instituut, acquireerde Rouffaer ook ijverig voor de instelling om lacunes in de collectie op te vullen.

Tijdens zijn tweede reis, van 1909 tot 1911, heeft hij naast de Indische Archipel ook de Filippijnen, Brits-Borneo, Malakka en Portugees Timor bezocht. Verzwakt keerde Rouffaer terug naar Europa. Voor zijn herstel verbleef hij in Zuid-Europa. In hetzelfde jaar werd Rouffaer benoemd tot erelid van het KITLV. Vanaf 1913 werkte Rouffaer samen met H.H. Juynboll, conservator van ’s Rijks Ethnographisch Museum te Leiden, aan het omvangrijke standaardwerk De Batikkunst in Nederlandsch-Indië en haar geschiedenis.