De Vereniging Het Bilderdijk Museum is in 1907 opgericht ter bevordering van onderzoek naar de persoon, het werk en de omgeving van de dichter en denker Willem Bilderdijk (1756-1831).

In de eerste decennia van het bestaan van de Vereniging is de collectie op meerdere locaties opgesteld en opgeslagen geweest. Zoals in het Stedelijk Museum te Amsterdam, en delen in de bibliotheek van de Universiteit van Amsterdam en in het Gemeentearchief Den Haag. In 1929 bood de Vrije Universiteit aan de Vereniging de mogelijkheid een ruimte te betrekken aan het door hen aangekochte pand Keizersgracht 164 in Amsterdam. Op 21 maart 1931 werd daar het museum heropend. In de jaren 60 verhuisde het museum mee naar de huidige VU-campus aan de De Boelelaan op de Zuidas.

In 2019 is de Vereniging als werkgroep toegetreden tot de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde (MNL) en daarmee is de collectie naar Leiden verhuisd. Een selectie van schilderijen en objecten uit de collectie is geplaatst in de Bilderdijkkamer in het Academiegebouw van de Universiteit Leiden.

Sinds 1984 heeft de vereniging een eigen tijdschrift, Het Bilderdijk-Museum, met daarin regelmatig bijdragen over de collectie en transcripties van brieven en handschriften. Oudere jaargangen zijn in te zien via de DBNL.